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涉及到处理样本过程中的感染性废弃物有着严格的处理方案：与标本接触过的医疗废物，如tip头、采样管、小离心管（如EP管）等应用0.55%~1%含氯消毒液处理，用三层医疗废物包装袋（标有“感染性废物”）装好扎紧后转出实验区，经高压灭菌后按医疗废物处理。
即处理新冠病毒感染性样本均需在生物安全柜中操作，并要妥善处理医疗废物，必须经高压灭菌。那么感染性废弃物在生物安全柜与高压蒸汽灭菌锅之间的转移过程中是不被生物安全柜的气流保护，暴露在环境中的，因此要使用医疗废物包装袋妥善包扎来转移废弃物。
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